Одним из основных направлений работы музея является исследовательско-издательская деятельность. В основе издательской деятельности лежит длительный и кропотливый процесс изучения и сбора краеведческих материалов.
В 1998 году вышло в свет фундаментальное издание «Край Ельниковский», соавтором которого была Никишова Е. В., лектор-экскурсовод Ельниковского историко-краеведческого музея. Ей написаны главы о советском периоде в развитии района. Книга издана по инициативе Арсентьева Н. М., директора Историко-социологического института Мордовского государственного университета им. Н. П. Огарёва, доктора исторических наук, члена-корреспондента РАН.
Работники музея уделяют большое внимание работе информационного-просветительского характера. Ежемесячно в районной газете «Ельниковская трибуна» публикуются 1-2 статьи краеведческой тематики. В этом направлении сотрудниками музея изданы два буклета о Ельниковском муниципальном районе - «Ельниковский район. Красота примокшанья, полей благодать» - 2008 г., «Край родной Ельниковский» - 2013 г.
В буклетах лаконично рассказано о развитии района и его тружениках. Издания иллюстрированы красочными фотографиями.
Накопленный материал по истории родного края стал главным фактором для начала издательской деятельности. За последние 10 лет издано 5 книг по истории Ельниковского района.
В 2010 году вышла в свет книга «Боевая слава и трудовая доблесть. Ельниковский район. 1941-1945» (670 страниц). Книга включила материал об уроженцах Ельниковского района, участниках Великой Отечественной войны. Кроме этого в книге впервые написано о работе Ельниковского РК ВКП(б) и райисполкома в годы войны, Жизнь и работа ельниковцев в тылу. Весь материал основан на документах из фондов ЦГА РМ, Ельниковского, Краснослободского и Темниковского муниципальных архивов, публикаций газет Ельниковского и Пурдошанского районов за военные годы.
В 2015 году, издана книга «Ельники. 400 лет истории села» (925 страниц). Её издание было приурочено к 400-летию села и 70-летию Победы в Великой Отечественной войне. История села Ельники XVIII-XIX вв. воссоздана на основе «Ревизских сказок», «Метрических книг» и «Клировых ведомостей» Преображенской церкви села Ельники (ЦГА РМ и ГАПО - государственный архив Пензенской области), она положила начало проекту по изданию серии книг «Ельниковцы», став первым томом серии, рассказывающей об истории сёл Ельниковского района.
Весной 2017 года вышел в свет второй том серии «Ельниковцы» (960 страниц, 11 сёл и деревень). Значительное место в книге уделено истории села Стародевичье, где успешно работает ООО им. Ильича, одно из передовых хозяйств Ельниковского района Республики Мордовия.
В 2019 году издан третий том серии «Ельниковцы» (703 страницы, 20 сел и деревень). Некоторые из населенных пунктов, описанных в книге, уже исчезли с административной карты Ельниковского района.
В марте 2020 года вышел в свет четвертый том серии «Ельниковцы» (1008 страниц, 14 населенных пунктов). В томе представлена история крупных сельских поселений – Надеждинского, Новоникольского и Софьинского.
Работа по изучению, сбору и систематизации материалов для будущих книг продолжается. В ближайшие годы планируется издание двух томов, в которые войдут истории населенных пунктов, не вошедшие в предыдущие книги. Они станут завершением историко-краеведческой серии «Ельниковцы».